特許法1条は、発明の保護及び利用を図ることにより、発明を奨励し、もって産業の発達に寄与することを目的とする。特許制度は、発明を公開した代償として、一定期間の排他的権利（特許権）を与える仕組み（産業政策説）である。

他方で、特許権は本来発明者に帰属する当然の権利であり、国家はこれを確認し保護しているにすぎないとする考え方（自然権説）もある。

もっとも、一定期間が経過すれば権利が消滅し、誰もが自由に発明を利用できるようになる仕組み（存続期間の制限）を、自然権の理論だけで説明することは難しい。現行法は、1条の文言からも明らかなように、産業政策説に立つものと一般に理解されている。

日本では、技術的創作等の保護は、特許法・実用新案法・意匠法の3つの個別法で規律される。保護対象、審査方法、存続期間が異なる。特許庁が三法の出願を一括して所管する。

特許取得までの基本的な流れは、出願 → 出願公開（出願から1年6か月経過後）→ 出願審査請求 → 実体審査 → 特許査定 → 特許料の納付・設定登録、である。登録後は、特許異議の申立て、特許無効審判、訂正審判等により特許の有効性が見直されることがあり、特許庁の審決等に不服がある者は、知的財産高等裁判所に審決取消訴訟を提起することができる。

特許権に関する訴え（侵害訴訟等）の第一審は、東京地方裁判所又は大阪地方裁判所の専属管轄とされ（民事訴訟法6条1項）、その控訴審は、東京高等裁判所の特別の支部である知的財産高等裁判所が全国の事件を一元的に担当する（同条3項、知的財産高等裁判所設置法2条）。審理は原則として3人の裁判官による合議体で行われるが、特に重要な事件については、5人の裁判官による合議体（いわゆる大合議）で審理することができる（民事訴訟法269条の2、310条の2）。

知的財産訴訟（特許権侵害訴訟や審決取消訴訟など）では、技術的な内容を正確に把握し、適正かつ迅速な審理を行うため、裁判所調査官が大きな役割を担っている（裁判所法57条）。知的財産事件を担当する調査官には、特許庁の審判官・審査官の経験者や弁理士などが任命され、おおむね3年程度在任するのが通例である。裁判所は、調査官に、口頭弁論等の期日において訴訟関係を明瞭にするため当事者に問いを発し又は立証を促すこと、証拠調べの期日において証人等に直接問いを発すること、裁判官に事件について意見を述べることなどを行わせることができる（民事訴訟法92条の8）。このほか、外部の専門家が専門委員として手続に関与する制度もある（同法92条の2）。

特許法2条1項は、発明を「自然法則を利用した技術的思想の創作のうち高度のもの」と定義する。要素は、①自然法則の利用、②技術的思想、③創作、④高度性である。「高度のもの」は、実用新案法の「考案」（自然法則を利用した技術的思想の創作）と区別するための文言であり、実務上、発明該当性を独立に左右することはほとんどない。

審査基準上、次のものは「発明」に該当しない。

発明といえるためには、技術的思想として完成していなければならない。最判昭和52年10月13日（民集31巻6号805頁、獣医用組成物事件）は、発明が完成したといえるためには、その技術内容が、当該技術分野における通常の知識を有する者が反復実施して目的とする技術効果を挙げることができる程度にまで具体的・客観的なものとして構成されていることを要すると判示した。この程度に至らない未完成発明は、2条1項の「発明」に当たらず、29条1項柱書の要件を満たさないとして拒絶される。

• 具体的・客観的な構成：当該技術分野の通常の知識を有する者（当業者）が、その内容を理解して実施できる程度に具体化されていること。
• 反復実施可能性：単に一度たまたま成功しただけではなく、当業者が反復して実施できること。
• 技術的効果の達成：目的とする技術効果を確実かつ客観的に挙げることができる程度に構成されていること。

特許法2条3項は、発明を3類型に分け、それぞれについて「実施」の態様を定める。物の発明には、プログラム等（2条4項：プログラムその他電子計算機による処理の用に供する情報であってプログラムに準ずるもの）を含む。

審査基準は、ソフトウェアによる情報処理が、ハードウェア資源（CPU、メモリ等）を用いて具体的に実現されている場合に、「自然法則を利用した技術的思想」に当たると整理する。ビジネス方法それ自体は発明ではないが、コンピュータ等を用いた具体的な構成を備えれば、発明として保護され得る。プログラムは「物」として請求できる。学習済みモデル等のAI関連発明も、同様の枠組みで判断される。

AI関連技術については、特許庁がウェブページ「AI関連技術に関する特許審査事例について」において、発明該当性、進歩性、記載要件等に関する多数の審査事例（2024年〔令和6年〕3月に追加された事例を含む）を公表している。

日本は発明者主義を採る。発明をした者は、原則として「特許を受ける権利」を原始的に取得し（29条1項柱書）、この権利は移転できる（33条1項）。発明者とは、技術的思想の創作に実質的に関与した自然人であり、単なる補助者、管理者、資金提供者、命令者は含まれない。

AIを発明者として記載した出願について、東京地判令和6年5月16日（令和5年（行ウ）第5001号）及び知財高判令和7年1月30日（令和6年（行コ）第10006号）は、特許法が発明者として想定するのは自然人であるとして、特許庁の却下処分の取消請求を棄却した（DABUS事件）。その後、最高裁判所第二小法廷は2026年3月に上告を退ける決定をし、知財高裁判決が確定したと報じられている。

特許を受ける権利は移転できるが（33条1項）、共有か単独かを問わず、質権の目的とすることはできない（同条2項）。特許を受ける権利が共有の場合、特許出願は共有者全員でしなければならない（38条）。また、各共有者は、他の共有者の同意を得なければ、その持分を譲渡することができず（33条3項）、その特許を受ける権利に基づいて取得すべき特許権について、仮専用実施権を設定し、又は他人に仮通常実施権を許諾することもできない（同条4項）。これに対し、設定登録後の特許権が共有の場合、各共有者は、契約で別段の定めをした場合を除き、他の共有者の同意を得ないで特許発明を自ら実施することができる（73条2項）。ただし、持分の譲渡と持分を目的とする質権の設定（同条1項）、専用実施権の設定と通常実施権の許諾（同条3項）には、他の共有者の同意が必要である。このように、特許権の持分には同意を得て質権を設定できるが、設定登録前の特許を受ける権利には、同意があっても質権を設定できない。

特許法35条は、従業者等がした職務発明について、次のように定める。

発明者でない者で、特許を受ける権利を承継してもいない者がした出願を冒認出願という。冒認出願は、拒絶理由（49条7号）及び無効理由（123条1項6号）となる。平成23年改正（2012年4月1日施行）により、特許を受ける権利を有する者は、冒認出願又は共同出願違反（38条）によってされた特許について、特許権者に対し特許権の移転を請求できるようになった（74条1項）。移転の登録があったときは、その特許権は初めから登録を受けた者に帰属していたものとみなされる（74条2項）。冒認又は共同出願違反を理由とする無効審判は、特許を受ける権利を有する者に限り請求できる（123条2項）。なお、改正前の最判平成13年6月12日（民集55巻4号793頁、生ゴミ処理装置事件）は、真の権利者が自ら出願していたのに、無権利者が無断で出願人名義を変更して特許権の設定登録を受けたという事案において、無効審判を経ることなく、真の権利者が無権利者に対し特許権の持分の移転登録を請求できるとした。

日本国内に住所又は居所（法人にあっては営業所）を有しない外国人は、①その者の属する国が日本国民に対し自国民と同一の条件で権利の享有を認めている場合、②日本国がその国民に享有を認める場合には日本国民に対し自国民と同一の条件で享有を認めることとしている場合（相互主義）、③条約に別段の定めがある場合に限り、特許権その他特許に関する権利を享有することができる（25条）。パリ条約2条やTRIPS協定3条は内国民待遇を定めているので、同盟国・加盟国の国民は③により、日本国民と同様に権利を享有できる。また、日本国内に住所又は居所（法人にあっては営業所）を有しない者（在外者）は、政令で定める場合を除き、日本国内に住所又は居所を有する代理人（特許管理人）によらなければ、手続をし、又は行政庁の処分を不服として訴えを提起することができない（8条1項）。

特許を受けるには、①発明であること（2条1項）、②産業上利用可能性、③新規性、④進歩性（29条）、⑤拡大先願に該当しないこと（29条の2）、⑥先願（39条）、⑦不特許事由に該当しないこと（32条）、⑧記載要件（36条）を満たす必要がある。

特許法29条1項柱書は、「産業上利用することができる発明」を要求する。「産業」は広く解される。審査基準上、次のものはこの要件を満たさない。

人間を手術、治療又は診断する方法（いわゆる医療行為）：医薬品・医療機器などの物は対象外。医療機器の作動方法も、医師が人体に対して行う行為を含まない限り、これに当たらない。人間以外の動物のみを対象とする方法も除外されない。

業として利用できない発明：喫煙方法のように個人的にのみ利用されるもの、学術的・実験的にのみ利用されるもの。ただし、市販や営業の可能性があるものは除く。

実際上明らかに実施できない発明：例えば、オゾン層の減少に伴う紫外線の増加を防止するために、地球表面全体を紫外線吸収プラスチックフィルムで覆う方法。

特許法29条1項は、特許出願前に日本国内又は外国において次のいずれかに該当する発明は特許を受けることができないと定める（世界主義。公知・公用については平成11年改正〔2000年1月1日施行〕から）。①公然知られた発明（1号。公知）、②公然実施をされた発明（2号。公用）、③頒布された刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明（3号）。基準時は出願の時であり、時分まで考慮される（外国で公知となった時刻は日本時間に換算する）。「公然」とは、守秘義務を負わない不特定の者に知られ得る状態をいう。守秘義務を負う者にのみ知られた場合は公知とならない。この守秘義務には、契約上のものだけでなく、社会通念上又は商慣習上のものも含まれる。公然実施には、発明の内容が公然知られるおそれのある状況で実施をされた場合も含まれる。なお、一定の要件を満たす場合は、新規性喪失の例外（30条）の適用を受けることができる。

特許要件（新規性・進歩性）を判断する前提として、発明の要旨認定が行われる。最判平成3年3月8日（民集45巻3号123頁、リパーゼ事件）は、この要旨認定は、特段の事情のない限り、特許請求の範囲の記載に基づいてされるべきであるとした。そして、特許請求の範囲の記載の技術的意義が一義的に明確に理解できない場合や、一見してその記載が誤記であることが発明の詳細な説明の記載に照らして明らかである場合など、特段の事情がある場合に限って、発明の詳細な説明の記載を参酌することが許されるにすぎないとした。この事件では、原審が、特許請求の範囲に記載された「リパーゼ」を、発明の詳細な説明の記載に基づき「Raリパーゼ」に限定して解釈し進歩性を認めたが、最高裁はこれを誤りとした。

特許法29条2項は、特許出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者（当業者）が、同条1項各号に掲げる発明に基づいて容易に発明をすることができたときは、特許を受けることができないと定める。審査基準は、次の手順で判断する。

1. 本願発明の認定
2. 引用発明の認定と主引用発明の選択
3. 本願発明と主引用発明との対比（一致点・相違点の確定）
4. 論理付けの可否の判断（相違点について、副引用発明の適用や技術常識の考慮により、当業者が本願発明に容易に到達できたかを判断）

論理付けでは、まず進歩性を否定する方向に働く要素として、副引用発明を適用する動機付け（技術分野の関連性、課題の共通性、作用・機能の共通性、引用発明の内容中の示唆）と、設計変更等（最適材料の選択、数値範囲の最適化・好適化、均等物による置換等）や先行技術の単なる寄せ集めを考慮する。論理付けができると判断される場合も、進歩性を肯定する方向に働く要素である引用発明と比較した有利な効果や阻害要因を含めて総合的に評価し、論理付けができるかを最終的に判断する。特に、引用発明とは異質な効果や、同質であっても際立って優れた効果であって、技術水準から予測できないものは、進歩性を肯定する方向に強く働く。

特許法30条は、出願前に発明が公開された場合でも、一定の要件のもとで、新規性・進歩性の判断（29条1項・2項）において、その発明は29条1項各号のいずれにも該当するに至らなかったものとみなす例外を設けている。対象となるのは、特許を受ける権利を有する者の意に反して公開された場合（30条1項）と、特許を受ける権利を有する者の行為に起因して公開された場合（30条2項。特許公報等に掲載されたことによるものを除く）である。2項の適用を受けるには、出願と同時にその旨を記載した書面を提出し、出願から30日以内に証明書を提出しなければならない（30条3項）。平成30年改正（2018年6月9日施行）により、猶予期間は6か月から1年に延長された。なお、30条は出願日を遡らせるものではないので、公開から出願までの間にされた第三者の独立した公開や出願には対抗できない。

30条の効果は日本での出願に限られる。外国では、新規性喪失の例外が認められなかったり、要件や期間が異なったりする（例えば、欧州特許条約は限られた場合に6か月の例外を認めるにとどまる）ので、公開前に出願するのが原則である。また、30条は出願日を遡らせるものではない。そのため、公開から出願までの間に第三者が同一の発明について出願すると、その出願が先願（39条）又は拡大先願（29条の2）として、本人の出願が拒絶されるおそれがある。第三者が独自に同一の発明を公開した場合には、30条は適用されず、本人の出願は新規性を失う。さらに、その間に第三者が実施の事業又はその準備を始めれば、先使用権（79条）が成立する可能性もある。

特許法39条は、同一の発明について複数の出願がある場合の扱いを定める。異なった日に出願された場合は、最先の特許出願人のみが特許を受けることができる（39条1項）。同日に出願された場合は、特許出願人の協議により定めた一の特許出願人のみが特許を受けることができる。協議が成立しないとき又は協議をすることができないときは、いずれも特許を受けることができない（39条2項）。この場合、特許庁長官は、期間を指定して協議の結果を届け出るよう命じ（39条6項）、期間内に届出がないときは、協議が成立しなかったものとみなす（39条7項）。特許出願と実用新案登録出願との間でも同様に扱われる（39条3項・4項）。これらの規定は、同一出願人による重複出願にも適用される。出願が放棄、取下げ若しくは却下されたとき、又は拒絶をすべき旨の査定若しくは審決が確定したときは、その出願は、39条1項から4項までの適用については、初めからなかったものとみなされる（39条5項本文）。ただし、協議が成立しないこと等（39条2項後段・4項後段）を理由として拒絶をすべき旨の査定又は審決が確定したときは、この限りでない（39条5項ただし書）。

特許法29条の2は、特許出願に係る発明が、その特許出願の日前に出願され、その特許出願の後に出願公開又は特許掲載公報の発行等がされた他の特許出願又は実用新案登録出願（先願）の当初明細書等（願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は実用新案登録請求の範囲及び図面）に記載された発明と同一であるときは、特許を受けることができないと定める。先願の明細書等に記載された発明は、特許請求の範囲に記載されていなくても、出願公開等によって公開される。後願はそれと同一の発明であって新しい技術を何ら公開するものではないから、特許を与える価値がない、というのが本条の趣旨である。「同一」には実質的同一を含む。39条が先願の特許請求の範囲を基準とするのに対し、本条は当初明細書等全体の記載を基準とする。また、先願が公開後に取り下げられても本条は適用される。ただし、①先願の当該発明の発明者と後願の発明者が同一である場合、②後願の出願時に先願と後願の出願人が同一である場合には、本条は適用されない。

特許法32条は、公の秩序、善良の風俗又は公衆の衛生を害するおそれがある発明は、29条の規定にかかわらず、特許を受けることができないと定める。32条違反は拒絶理由（49条2号）及び無効理由（123条1項2号）となる。審査基準によれば、32条が適用されるのは、発明の本来の用途が公序良俗等を害するおそれがある場合であり、単に悪用されるおそれがあるだけでは足りない。かつては、飲食物・嗜好物、医薬、化学物質などにも不特許事由が定められていたが、昭和50年改正等によって削除され、現行法の不特許事由は32条のみである。人間を手術、治療又は診断する方法（いわゆる医療行為）は、明文の規定ではなく、審査基準の解釈により、産業上利用可能性（29条1項柱書）を欠くとして排除される。動植物や微生物も法定の不特許事由とはされておらず、要件を満たせば保護の対象となり得る（植物について、最判平成12年2月29日・民集54巻2号709頁〔黄桃の育種増殖法事件〕参照）。

特許法36条は、明細書について実施可能要件（4項1号）を定め、特許請求の範囲についてサポート要件（6項1号）、明確性要件（同項2号）及び簡潔性要件（同項3号）を定める。知財高判（大合議）平成17年11月11日（平成17年（行ケ）10042号、偏光フィルム事件）は、サポート要件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比して判断すべきであるとした。すなわち、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された発明であって、①発明の詳細な説明の記載により当業者が発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか、又は②その記載や示唆がなくとも、当業者が出願時の技術常識に照らし発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるかを検討する。さらに、本判決は、特性値を表す数式等で発明を特定したいわゆるパラメータ発明について、その数式が示す範囲全体で課題を解決できることを、当業者が認識できる程度に具体例を開示して記載する必要があり、出願後に実験データを提出して明細書の記載不足を補うことは許されないとした。

特許権者は、自ら特許発明を実施するほか、他人に実施権を設定し又は許諾して、特許発明を利用させることができる。特許法上の実施権には、契約によって生じる専用実施権（77条）及び通常実施権（78条）のほか、法律の規定によって当然に生じる法定通常実施権と、行政庁の裁定によって生じる裁定通常実施権がある。さらに、特許権の設定登録前の段階で、将来取得すべき特許権についてライセンスを可能にする制度として、仮専用実施権（34条の2）及び仮通常実施権（34条の3）がある。

特許権者は、その特許権について他人に専用実施権を設定することができる（77条1項）。専用実施権者は、設定行為で定めた範囲内において、業としてその特許発明の実施をする権利を専有し（同条2項）、その範囲では特許権者自身も特許発明を実施することができない（68条ただし書）。専用実施権の設定、移転（相続その他の一般承継によるものを除く）、変更、消滅又は処分の制限は、登録しなければその効力を生じない（98条1項2号）。

専用実施権は、実施の事業とともにする場合、特許権者の承諾を得た場合及び相続その他の一般承継の場合に限り、移転することができる（77条3項）。専用実施権者は、特許権者の承諾を得た場合に限り、その専用実施権について質権を設定し、又は他人に通常実施権を許諾することができる（同条4項）。専用実施権者は、自己の名で侵害者に対して差止請求（100条）及び損害賠償請求をすることができ、損害額の推定等の規定（102条）も適用される。

特許権者は、その特許権について他人に通常実施権を許諾することができる（78条1項）。通常実施権者は、設定行為で定めた範囲内において、業としてその特許発明の実施をする権利を有する（同条2項）。通常実施権は、特許権者から差止めや損害賠償の請求を受けずに実施できる地位を内容とする債権的な権利と解されており、通常実施権者は、原則として侵害者に対して自ら差止請求をすることはできない。もっとも、特許権者が他の者に実施を許諾しない旨を約した独占的通常実施権については、侵害者に対する損害賠償請求を認めた裁判例がある。

平成23年改正前は、通常実施権を特許権の譲受人等の第三者に対抗するには登録が必要であった。しかし、多数の特許を対象とする包括的なライセンス契約などでは個々の特許ごとに登録することが現実的でなく、登録はほとんど利用されていなかった。そこで同改正（2012年4月1日施行）により、通常実施権は、その発生後にその特許権若しくは専用実施権又はその特許権についての専用実施権を取得した者に対しても、その効力を有するものとされた（当然対抗制度、99条）。これにより、特許権が譲渡された場合や特許権者が破産した場合でも、通常実施権者は実施を継続することができる。

通常実施権は、裁定によるものを除き、実施の事業とともにする場合、特許権者（専用実施権についての通常実施権にあっては、特許権者及び専用実施権者）の承諾を得た場合及び相続その他の一般承継の場合に限り、移転することができる（94条1項）。

特許出願から設定登録までには相当の期間を要するが、大学やベンチャー企業などにとっては、出願段階で発明をライセンスし、早期の事業化や資金回収を図る必要性が高い。従来も特許を受ける権利について契約を結ぶことはできたが、設定登録後に専用実施権・通常実施権へ自動的に移行する仕組みや、特許を受ける権利が譲渡された場合にライセンシーを保護する仕組みがなかった。そこで、平成20年改正（2009年4月1日施行）により、特許を受ける権利に基づいて取得すべき特許権について、出願段階からライセンスを可能とする仮専用実施権・仮通常実施権の制度が創設された。

特許を受ける権利を有する者は、その特許を受ける権利に基づいて取得すべき特許権について、その特許出願の願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内において、仮専用実施権を設定し（34条の2第1項）、又は他人に仮通常実施権を許諾することができる（34条の3第1項）。範囲が当初明細書等に記載した事項の範囲内に限られるのは、補正が当初明細書等の範囲内でしか認められず（17条の2第3項）、将来成立する特許権もその範囲を超えることがないからである。

仮専用実施権者は、特許を受ける権利を有する者の承諾を得た場合に限り、その仮専用実施権に基づいて取得すべき専用実施権について、他人に仮通常実施権を許諾することができる（34条の2第4項）。特許を受ける権利が共有に係るときは、各共有者は、他の共有者の同意を得なければ、仮専用実施権を設定し、又は仮通常実施権を許諾することができない（33条4項）。

仮専用実施権に係る特許出願について特許権の設定の登録があったときは、その特許権について、仮専用実施権の設定行為で定めた範囲内において、専用実施権が設定されたものとみなされる（34条の2第2項）。同様に、仮通常実施権に係る特許出願について特許権の設定の登録があったときは、仮通常実施権の設定行為で定めた範囲内において、通常実施権が許諾されたものとみなされる（34条の3第2項。仮専用実施権に基づく仮通常実施権について同条3項）。当事者が改めて契約を締結し直す必要はない。

仮専用実施権の設定、移転（相続その他の一般承継によるものを除く）、変更、消滅又は処分の制限は、登録しなければその効力を生じない（34条の4第1項）。これに対し、仮通常実施権は、平成23年改正（2012年4月1日施行）により登録制度が廃止され、その許諾後に特許を受ける権利若しくは仮専用実施権等を取得した者に対しても、当然にその効力を有する（34条の5）。通常実施権の当然対抗（99条）と同じ考え方である。

仮専用実施権は、発明の実施の事業とともにする場合、特許を受ける権利を有する者の承諾を得た場合及び相続その他の一般承継の場合に限り、移転することができる（34条の2第3項）。仮通常実施権も同様である（34条の3第4項）。

仮専用実施権に係る特許出願について分割出願があったときは、設定行為に別段の定めがない限り、分割に係る新たな出願についても仮専用実施権が設定されたものとみなされる（34条の2第5項）。仮通常実施権についても、国内優先権の主張（34条の3第5項）、分割出願（同条6項）、実用新案登録出願・意匠登録出願からの出願の変更（同条8項・9項）があった場合に、同様の規定が置かれている。

仮専用実施権及び仮通常実施権は、特許権の設定の登録があったとき（専用実施権・通常実施権に移行する）、出願が放棄され、取り下げられ、若しくは却下されたとき、又は拒絶をすべき旨の査定若しくは審決が確定したときは、消滅する（34条の2第6項、34条の3第10項）。仮専用実施権者は、仮通常実施権者があるときは、その承諾を得た場合に限り、仮専用実施権を放棄することができる（34条の2第7項）。

契約や勤務規則等により職務発明について使用者等のため仮専用実施権を設定し、設定登録によって専用実施権が設定されたものとみなされたときは、従業者等は相当の利益を受ける権利を有する（35条4項）。一方、職務発明以外の発明について、あらかじめ使用者等のため仮専用実施権を設定することを定めた契約等の条項は無効である（35条2項）。

なお、設定登録前の段階では特許権も専用実施権も存在しないため、仮専用実施権者が第三者の実施に対して差止請求をすることはできない。出願公開後の補償金請求権（65条）は特許出願人に帰属し、設定登録後でなければ行使できない。

特許権者は、専用実施権者又は質権者があるときは、これらの者の承諾を得た場合に限り、その特許権を放棄することができる（97条1項）。訂正審判の請求についても同様である（127条）。令和3年改正前は、これらの場面で通常実施権者の承諾も必要とされていたが、通常実施権者が多数に及ぶ場合などに承諾を得ることが困難であることから、同改正（2022年4月1日施行）により不要とされた。

特許法36条は、特許出願をするには、願書に、明細書、特許請求の範囲、必要な図面及び要約書を添付しなければならないと定める（36条2項）。特許請求の範囲は、請求項に区分し、各請求項ごとに、特許を受けようとする発明を特定するために必要と認める事項のすべてを記載する（36条5項）。特許発明の技術的範囲は、特許請求の範囲の記載に基づいて定められ（70条1項）、用語の意義は明細書及び図面を考慮して解釈される（同条2項）。ただし、要約書の記載は考慮されない（同条3項）。また、外国語で作成した書面による外国語書面出願（36条の2）も可能である。この場合、外国語書面及び外国語要約書面の日本語による翻訳文を、特許出願の日（優先権を主張する場合は最先の優先日）から1年4か月以内に提出しなければならない（36条の2第2項）。期間内に提出しないときは、特許庁長官の通知を受けてから2か月以内に提出しない限り、出願は取り下げたものとみなされる（同条3項〜5項）。なお、期間内に提出しなかったことが故意でないと認められる場合には、一定期間内に限り翻訳文を提出できる（同条6項）。

パリ条約による優先権は、第1国出願の日から12か月以内に日本に出願した場合に主張することができる（パリ条約4条）。主張の手続は特許法43条が定め、最先の優先日から1年4か月以内に優先権証明書を提出しなければならない（43条2項）。優先期間内に出願できなかったことが故意でないと認められるときは、優先期間の経過後2か月以内に限り、優先権を主張して出願することができる（43条の2第1項）。国内優先権（41条）は、先の日本出願の日から1年以内にした後の出願において、先の出願の願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載された発明について、新規性・進歩性等の判断を先の出願の時を基準として受けられる制度である（41条2項）。先の出願は、その出願の日から1年4か月を経過した時に取り下げたものとみなされる（42条1項）。日本はPCTの締約国である。PCT国際出願を日本に国内移行する場合は、優先日から原則として30か月以内に国内書面を提出し（184条の5）、外国語でされた国際出願については翻訳文も提出しなければならない（184条の4）。

特許出願は、出願日（優先権を主張する場合は優先日）から1年6か月を経過したときに、特許掲載公報が発行されたものを除き、出願公開される（64条1項）。出願人は、出願公開の請求により早期に公開させることもできる（64条の2）。出願人は、出願公開後に、特許出願に係る発明の内容を記載した書面を提示して警告をしたときは、警告後特許権の設定登録前に業としてその発明を実施した者に対し、実施料相当額の補償金を請求できる。出願公開された発明であることを知って実施した者に対しては、警告がなくても請求できる（65条1項）。この請求権は、特許権の設定登録後でなければ行使できない（同条2項）。審査は、出願審査の請求があって初めて開始される（48条の2）。請求は、何人も、実際の出願日から3年以内にすることができる（48条の3第1項）。請求は取り下げることができず（同条3項）、期間内に請求がないときは、出願は取り下げたものとみなされる（同条4項）。審査を促進する制度として、法定の優先審査（48条の6）のほか、運用上の早期審査、スーパー早期審査、特許審査ハイウェイ（PPH）等がある。また、第三者は、刊行物等提出書により、審査に資する情報を提供できる（特許法施行規則13条の2）。

審査官は、拒絶理由（49条）があると認めるときは、拒絶理由を通知し、相当の期間を指定して意見書を提出する機会を与えなければならない（50条）。出願人は、意見書と手続補正書で応答する。補正は、願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内でしかできない（新規事項追加の禁止、17条の2第3項）。判例は、明細書等のすべての記載を総合して導かれる技術的事項との関係で、新たな技術的事項を導入しない補正であれば、この範囲内にあるとする（知財高判〔大合議〕平成20年5月30日、ソルダーレジスト事件）。また、拒絶理由通知を受けた後は、補正前後の発明が発明の単一性の要件を満たすものでなければならない（シフト補正の禁止、17条の2第4項）。最後の拒絶理由通知後と拒絶査定不服審判の請求時の補正は、その目的が、請求項の削除、特許請求の範囲の限定的減縮、誤記の訂正、又は拒絶理由通知で指摘された事項についての明りょうでない記載の釈明に限られる（17条の2第5項）。限定的減縮をした場合は、補正後の発明が独立して特許を受けることができるものでなければならない（独立特許要件、17条の2第6項）。これらに違反する補正は却下される（53条）。審査官は、拒絶理由を発見しないときは特許査定をし（51条）、通知した拒絶理由が解消されないときは拒絶査定をする（49条）。二以上の発明を包含する特許出願は、その一部を新たな特許出願とする分割出願ができ（44条1項）、適法な分割出願はもとの出願の時にしたものとみなされる（同条2項）。また、一の願書で出願できるのは、同一の又は対応する特別な技術的特徴を有する発明に限られる（発明の単一性、37条）。単一性の要件違反は拒絶理由となるが（49条4号）、無効理由とはならない。

特許をすべき旨の査定又は審決の謄本の送達があった日から30日以内に、第1年から第3年までの各年分の特許料を一時に納付する（108条1項）。特許料が納付されると特許権の設定の登録がされ（66条2項）、特許権は設定の登録により発生する（同条1項）。存続期間は出願日から20年で終了する（67条1項）。ただし、次の2つの場合には、延長登録により存続期間を延長できる。①特許権の設定登録が、出願日から5年又は出願審査請求日から3年のいずれか遅い日以後になった場合の期間補償のための延長（67条2項）。②医薬品等について、政令で定める処分を受けるために特許発明の実施をすることができない期間があった場合の延長で、5年が限度である（67条4項）。第4年以降の特許料は、前年以前に毎年納付する（108条2項）。期限を過ぎても6か月以内であれば倍額で追納できるが（112条1項・2項）、追納もしないときは、特許権は遡って消滅したものとみなされる（同条4項）。

特許異議の申立てと審判は、いずれも特許庁の審判官の合議体（3人又は5人）が審理する準司法的手続である（114条1項、136条1項）。主な制度として、特許異議の申立て（113条）のほか、審判には、特許無効審判（123条）、拒絶査定不服審判（121条）及び訂正審判（126条）がある。特許異議の申立てについての取消決定や審決に不服がある者は、知的財産高等裁判所に訴えを提起することができる（178条）。

特許異議の申立ては、特許の早期安定化を図るため、何人も、特許掲載公報の発行の日から6か月以内に限り、特許の取消しを申し立てることができる制度である（113条）。二以上の請求項に係る特許については、請求項ごとに申し立てることができる。申立ての理由は、新規事項を追加した補正、新規性・進歩性、拡大先願、先願、不特許事由、記載要件（36条4項1号・6項1号〜3号）、外国語書面の範囲外の記載等の公益的事由に限られる（113条各号）。冒認出願や共同出願違反、後発的事由は対象外である。審理は書面審理による（118条1項）。審判官は、取消理由を通知して特許権者に意見書を提出する機会を与え（120条の5第1項）、特許権者はこの期間内に訂正を請求することができる（同条2項）。取消決定が確定したときは、その特許権は初めから存在しなかったものとみなされる（114条3項）。特許権者は、取消決定について、特許庁長官を被告として知的財産高等裁判所に取消決定取消訴訟を提起できる（178条、179条）。一方、維持決定に対しては、異議申立人は不服を申し立てることができない（114条5項）。

特許異議申立制度は、特許無効審判制度との手続の重複や紛争の長期化を防ぐため、平成15年改正（2004年1月1日施行）によって廃止され、その機能は、何人も請求できるようになった特許無効審判制度に統合された。しかし、無効審判は当事者対立構造をとり、請求人の手続負担が大きいため、特許権の有効性を簡易かつ迅速に見直す制度が必要であると指摘された。そこで、平成26年改正（2015年4月1日施行）により特許異議申立制度が再導入され、何人も、特許掲載公報の発行の日から6か月以内に異議を申し立てることができるようになった。同時に、特許無効審判を請求できる者は原則として利害関係人に限られた（123条2項）。これにより、特許付与後の早期の見直しは特許異議申立制度、当事者間の紛争解決は特許無効審判制度、という役割分担がされている。

特許無効審判（123条）は、設定登録後の特許に無効理由があるときに、特許を無効にすることを求める手続である。二以上の請求項に係る特許については、請求項ごとに請求できる（123条1項後段）。請求人は利害関係人に限られ、冒認出願と共同出願違反を理由とする場合は、特許を受ける権利を有する者に限られる（123条2項）。特許権の消滅後でも請求できる（123条3項）。無効理由には、補正要件違反（新規事項の追加）、外国人の権利享有違反、発明該当性・産業上利用可能性・新規性・進歩性、拡大先願、不特許事由、共同出願違反、先願違反、条約違反、記載要件違反、外国語書面の範囲外の記載、冒認出願、後発的無効理由、訂正要件違反がある（123条1項各号）。特許権者は、審判の中で訂正を請求できる（134条の2）。審理は当事者対立構造をとり、原則として口頭審理による（145条1項）。また、当事者が申し立てない理由についても審理できる（職権審理、153条）。特許を無効にすべき旨の審決が確定したときは、特許権は初めから存在しなかったものとみなされ（125条本文）、その効果は対世的に及ぶ。ただし、後発的無効理由による場合は、その理由に該当するに至った時から存在しなかったものとみなされる（同条ただし書）。審決が確定したときは、当事者及び参加人は、同一の事実及び同一の証拠に基づいて再度審判を請求することができない（167条）。

特許権者は、設定登録後に、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面を訂正することができる。訂正審判（126条）は、特許異議の申立て又は特許無効審判が特許庁に係属した時からその決定又は審決が確定するまでの間は、請求することができない（126条2項）。これらの手続の中では、指定された期間内に訂正請求をする（異議申立てについて120条の5第2項、無効審判について134条の2）。訂正の目的は、①特許請求の範囲の減縮、②誤記又は誤訳の訂正、③明りょうでない記載の釈明、④他の請求項の記載を引用する請求項を、引用しないものとすることに限られる（126条1項）。訂正は、設定登録時の明細書、特許請求の範囲又は図面（誤記又は誤訳の訂正の場合は、願書に最初に添付した明細書等）に記載した事項の範囲内でしなければならず（同条5項）、実質上特許請求の範囲を拡張し又は変更するものであってはならない（同条6項）。また、①又は②を目的とする訂正では、訂正後の発明が出願の際に独立して特許を受けることができるものでなければならない（独立特許要件、同条7項）。ただし、訂正請求では、異議申立て又は無効審判の対象とされていない請求項についてのみ、この要件が求められる（120条の5第9項、134条の2第9項）。訂正審判は、特許権の消滅後でも請求できるが、無効審判で特許が無効にされた後は請求できない（126条8項）。訂正をすべき旨の審決が確定したときは、訂正後の明細書等により特許出願及び設定登録がされたものとみなされる（128条）。なお、専用実施権者又は質権者があるときは、これらの者の承諾を得なければ訂正審判を請求できない（127条）。通常実施権者の承諾は、令和3年改正（2022年4月施行）により不要とされた。

拒絶査定を受けた者は、不服があるときは、その謄本の送達があった日から3か月以内に、拒絶査定不服審判を請求できる（121条1項）。請求と同時に明細書等を補正することができ（17条の2第1項4号）、補正があったときは、まず原査定をした審査官が審査する（前置審査、162条）。前置審査で特許をすべきものと認めるときは、審査官は原査定を取り消して特許査定をする（164条1項）。特許査定をしないときは、審査官はその結果を特許庁長官に報告し（同条3項）、審判官の合議体が審理する。補正がなかったときは、前置審査を経ずに合議体が審理する。合議体は、請求に理由があると認めるときは、自ら特許審決をするか、審査に差し戻す（160条1項）。審決に不服がある者は、特許庁長官を被告として、知的財産高等裁判所に審決取消訴訟を提起できる（178条、179条）。また、特許発明の技術的範囲について、特許庁に判定を求める制度もある（71条）。判定は3人の審判官の合議体が行うが（同条2項）、鑑定的な性質のものであり、法的拘束力はない。

審決取消訴訟は、特許庁の審決や取消決定などの違法を争う行政訴訟であり、行政事件訴訟法上の取消訴訟の一種として、特許法178条以下に特則が置かれている。特許庁の審判は、専門の審判官が行う準司法的手続であり、実質的に第一審に相当するものと位置付けられる。このため、審決取消訴訟は知的財産高等裁判所の専属管轄とされ（178条1項）、裁判所がその適法性を審査する。訴えは、審決等の謄本の送達があった日から30日以内に提起しなければならない（178条3項）。審決を取り消す判決が確定したときは、審判官はさらに審理を行い、審決をしなければならない（181条2項）。

審決取消訴訟では、審判手続で現実に争われ、かつ審理判断された特定の理由について、審決の違法性を審査する。当事者は、審判で審理判断されていない公知事実を新たに主張して、審決の違法又は適法を主張することはできない。ただし、審判で審理判断された公知事実の意味を明らかにするために、周知技術や技術常識を考慮することは許される（最判昭和55年1月24日・民集34巻1号80頁、食品包装容器事件）。

審決又は決定を取り消す判決が確定したときは、審判官はさらに審理を行い、審決又は決定をしなければならない（181条2項）。このとき、取消判決の拘束力（行政事件訴訟法33条1項）により、審判官は、取消判決の判断に抵触する判断をしてはならない。

平成23年改正前は、特許無効審判の審決に対する取消訴訟の提起後に特許権者が訂正審判を請求した場合、裁判所は審決を取り消して事件を特許庁に差し戻すことができた（旧181条2項）。しかし、この制度は特許庁と裁判所の間で事件が往復する「キャッチボール現象」を招いたため、同改正で廃止された。現行法では、審判長は、無効審判の請求に理由があると認めるときは、審決の予告をしなければならず（164条の2第1項）、特許権者は指定期間内に訂正を請求することができる（同条2項、134条の2第1項）。これにより、訂正の機会は審判段階で確保される。なお、無効審判が特許庁に係属した時から審決が確定するまでの間は、訂正審判を請求できない（126条2項）。

知的財産高等裁判所の判決に不服があるときは、判決書の送達を受けた日から2週間以内に、最高裁判所へ上告又は上告受理申立てをすることができる（民訴法313条・285条）。上告の理由は、憲法違反及び絶対的上告理由に限られる（民訴法312条）。上告受理申立ての理由は、最高裁判所の判例と相反する判断がある場合、又は法令の解釈に関する重要な事項を含む場合である（民訴法318条1項）。

特許法68条は、特許権者は、業として特許発明の実施をする権利を専有すると定める。ただし、その特許権について専用実施権を設定したときは、専用実施権者がその特許発明の実施をする権利を専有する範囲については、この限りでない（68条ただし書）。「業として」とは事業としての意味であり、営利目的に限られず、個人的・家庭的な実施を除く趣旨である。「実施」の内容は2条3項が定める。特許権の効力は、次のように制限される。

特許発明の技術的範囲は、願書に添付した特許請求の範囲の記載に基づいて定められる（70条1項）。この場合、明細書の記載及び図面を考慮して、特許請求の範囲に記載された用語の意義を解釈する（同条2項）。ただし、要約書の記載は考慮しない（同条3項）。被疑侵害品が請求項に記載された構成要件をすべて充足する場合には、文言侵害となる（いわゆる全要素原則）。

特許請求の範囲に記載された構成中に対象製品等と異なる部分がある場合でも、最判平成10年2月24日（民集52巻1号113頁、ボールスプライン軸受事件）が示した次の5要件をすべて満たすときは、対象製品等は特許請求の範囲に記載された構成と均等なものとして、特許発明の技術的範囲に属する（均等侵害）。第1要件から第3要件までは特許権者が、第4要件及び第5要件は被疑侵害者が主張立証責任を負う（知財高判〔大合議〕平成28年3月25日）。

第1要件（非本質的部分）：異なる部分が特許発明の本質的部分ではない

第2要件（置換可能性）：異なる部分を対象製品等のものと置き換えても、特許発明の目的を達することができ、同一の作用効果を奏する

第3要件（置換容易性）：置き換えることに、当業者が対象製品等の製造等の時点において容易に想到することができた

第4要件（公知技術からの非容易推考性）：対象製品等が、特許出願時の公知技術と同一ではなく、当業者がこれから出願時に容易に推考できたものでもない

第5要件（意識的除外等の特段の事情の不存在）：対象製品等が、出願手続において特許請求の範囲から意識的に除外されたものに当たるなどの特段の事情がない

特許法101条は、直接侵害には当たらないが、直接侵害を誘発する蓋然性が高い一定の行為を、特許権の侵害とみなす（間接侵害）。

専用品型（1号・4号）：物の発明についてはその物の生産にのみ用いる物（1号）、方法の発明についてはその方法の使用にのみ用いる物（4号）を、業として生産、譲渡等、輸入又は譲渡等の申出をする行為。主観的要件は不要である。

不可欠品型（2号・5号）：物の生産又は方法の使用に用いる物（日本国内において広く一般に流通しているものを除く）であって、その発明による課題の解決に不可欠なものを、その発明が特許発明であること及びその物がその発明の実施に用いられることを知りながら、業として生産、譲渡等、輸入又は譲渡等の申出をする行為（平成14年改正で新設）。

所持型（3号・6号）：物の発明に係る特許製品（3号）、又は物を生産する方法の発明により生産した物（6号）を、業としての譲渡等又は輸出のために所持する行為（平成18年改正で新設）。

特許法104条の3第1項は、特許権又は専用実施権の侵害に係る訴訟において、その特許が特許無効審判により無効にされるべきもの（延長登録が延長登録無効審判により無効にされるべきものを含む）と認められるときは、特許権者又は専用実施権者は、相手方に対しその権利を行使することができないと定める。被告は、侵害訴訟の中で無効の抗弁を主張でき、裁判所がこれを判断する。特許無効審判を請求できない者も、この抗弁を主張できる（同条3項）。これに対し、特許権者は、訂正によって無効理由が解消され、かつ被告製品等が訂正後の技術的範囲にも属すると主張して、再抗弁することができる（訂正の再抗弁）。これらの攻撃又は防御の方法が審理を不当に遅延させることを目的として提出されたと認められるときは、裁判所は却下の決定をすることができる（同条2項）。また、侵害訴訟の終局判決が確定した後に、無効審決、延長登録無効審決又は訂正審決が確定しても、その訴訟の当事者であった者は、再審の訴えにおいてそれを主張することができない（104条の4）。